Com a criação do Departamento de Ciência e Tecnologia (DECIT), em 2000, e a publicação da Política Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde (PNCTIS) em 2004, iniciou-se o processo de institucionalização da área de Avaliação de Tecnologias em Saúde (ATS) no Ministério da Saúde (MS).

A PNCTIS prevê o aprimoramento da capacidade regulatória, garantido pela formação de redes com a participação de órgãos executivos e legislativos regulatórios, dos centros de investigação científica e de desenvolvimento tecnológico, dos hospitais de ensino e outras instituições assistenciais públicas e de organizações voltadas para o controle social.
Em 2003 o DECIT passou por reestruturação e assumiu a nova missão de definir normas e estratégias para controle e avaliação da incorporação de tecnologias, promoção e difusão de conhecimentos científicos e tecnológicos em saúde.

Em 2004 foi criado o Conselho de Ciência, Tecnologia e Inovação do Ministério da Saúde que, entre outras atribuições, é responsável pela definição de diretrizes para avaliação tecnológica e pela incorporação de produtos e processos pelos gestores e profissionais de saúde do SUS. No mesmo ano também foi criado, o Grupo de Trabalho Permanente de Avaliação de Tecnologias em Saúde (GT ATS), composto por técnicos do DECIT, de órgãos da administração direta e das Agências de Vigilância Sanitária e de Saúde Suplementar.
Ainda em 2004, durante a 12ª Conferência Nacional de Saúde, foi criada a Coordenação Geral de Avaliação de Tecnologias em Saúde (CGATS), vinculada à Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos (SCTIE), pelo reconhecimento da ATS como instrumento estratégico para subsidiar a gestão crítica de tecnologias de saúde.

Em 2005 foi realizado o I Seminário Internacional de Gestão de Tecnologias em Saúde com a presença de representantes de países da Europa e das Américas. Um marco para a ATS no Brasil, que resultou em uma cooperação interinstitucional internacional, com a associação do DECIT/SCTIE à Rede Internacional de Agências de Avaliação de Tecnologias em Saúde (INAHTA - International Network of Agencies for Health Technology Assessment).

A primeira iniciativa para estruturação da REBRATS foi o estabelecimento de parcerias com instituições de ensino para realização de cursos de pós-graduação em gestão de tecnologias em saúde voltados para os profissionais do SUS, desde 2006. Culminando no seu lançamento em agosto de 2008.

Após três anos de trabalho, a Política Nacional de Gestão de Tecnologias em Saúde (PNGTS) foi aprovada no Conselho Nacional de Saúde e na Comissão Intergestores Tripartite e em 5 de novembro de 2009 foi publicada a portaria 2.690 que institui a PNGTS.

A constituição de redes de pesquisa para realização de estudos estratégicos foi uma das recomendações da Política Nacional de Gestão de Tecnologias em Saúde. O tema foi discutido em oficinas de prioridades de pesquisa em saúde.

Em dezembro de 2011, foi publicada a Portaria nº 2.915 que instituiu a Rede Brasileira de Avaliação de Tecnologias em Saúde com o estabelecimento do Comitê Executivo e cinco grupos de trabalho (GT de Priorização e Fomento de Estudos, GT de Desenvolvimento e Padronização Metodológica, GT de Capacitação Profissional, GT de Monitoramento do Horizonte Metodológico e o GT de Disseminação dos Estudos e Comunicação).

Desde a criação do GT de Desenvolvimento e Padronização Metodológica já foram produzidas 9 Diretrizes metodológicas. E em 2013, devido à necessidade de proposição e discussão dos serviços de saúde e as mudanças institucionais necessárias em termos de estrutura, processos e resultados foi criado o GT de Avaliação de Tecnologias em Serviços em Saúde

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