Com a criação do Departamento de Ciência e Tecnologia (DECIT), em 2000, e a publicação da Política Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde (PNCTIS) em 2004, iniciou-se o processo de institucionalização da área de Avaliação de Tecnologias em Saúde (ATS) no Ministério da Saúde (MS).

A PNCTIS prevê o aprimoramento da capacidade regulatória, garantido pela formação de redes com a participação de órgãos executivos e legislativos regulatórios, dos centros de investigação científica e de desenvolvimento tecnológico, dos hospitais de ensino e outras instituições assistenciais públicas e de organizações voltadas para o controle social.

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