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Com o propósito de apoiar o processo de priorização e fomento a estudos que envolvem o tema Avaliação de Tecnologia em Saúde (ATS), a REBRATS criou cinco grupos de trabalho (GT'S) para dar suporte as principais ações desenvolvidas pela rede, quais são:

- GT de Priorização e Fomento de Estudos;
- GT de Desenvolvimento e Priorização Metodológica;
- GT de Capacitação Profissional;
- GT de Monitoramento de Horizonte Tecnológico;
- GT de Disseminação dos Estudos e Comunicação;
- GT Avaliação de Tecnologias em Serviços de Saúde;
- Comitê Editorial do SisRebrats.